Les nombreuses rivières et plans d’eau de la forêt présentent beaucoup d’abris où peuvent s’installer les communautés aquatiques qui y trouvent une nourriture abondante :
Les Crustacés : 59 espèces sont recensées dont le « crabe de terre » ou « crabe blanc », le « crabe cé-ma-faute », « crabe abab », « crabe de palétuvier », « crabe zagayas », « crabe cirique », « crabe colimo ».
Les crevettes d’eau douce, généralement appelées ouassous regroupent une douzaine d’espèces dont les plus connus sont (Machrobachium carcinus) qui peut atteindre une longueur de 30 cm et (Atya scabra) appelé encore Cacador. Bien qu’elles passent la plus grande partie de leur vie dans les eaux douces, toutes ces espèces ont besoin d’eau salée pour se reproduire, c’est en mer et dans les parties basses des rivières que se développent les premiers stades de leurs larves. Leur survie dépend de la qualité des eaux dans les rivières et les estuaires, elles sont en particulier très sensibles à la présence de substances polluantes telles que les pesticides, les détergents ou les hydrocarbures. Certaines pratiques comme l’usage de savons ou de shampoing ou encore le lavage des voitures dans les rivières, leur sont donc très néfastes. C’est pourquoi ces pratiques sont interdites et passibles d’amendes.
On peut également observer dans les rivières le Crabe cirique qui creuse des terriers peu profonds dans les berges. Le Bernard l’hermite lui, transporte sa réserve d’eau personnelle dans sa coquille, il peut donc fréquenter tous les milieux, du bord de mer à la forêt sèche.
Les espèces de « langouste Royale » et « langouste Brésilienne » sont d’autres espèces caractéristiques des fonds marins du Grand Cul de Sac Marin et se retrouvent aussi bien dans les herbiers que dans les récifs. Les langoustes (Panulirus argus, P.guttatus) sont en régression.
Les Mollusques : Dans le GCSM, 158 espèces de Mollusques ont été inventoriées. Le récif corallien, quant à lui, y abrite 81 espèces. La population du mollusque Lambis (Strombus gigas) est toujours en régression malgré des arrêtés existants (interdiction de capture pendant la période de reproduction, taille minimale).