De nombreuses espèces remarquables trouvent abri dans la baie du Grand Cul-de-Sac Marin. Cette baie est particulièrement propice à l'accueil de l'avifaune en raison de ses nombreuses zones humides. On rencontre donc sur le littoral, le Pic de la Guadeloupe (Melanerpes herminieri), la seule espèce d'oiseau endémique à la Guadeloupe et le seul pic sédentaire des Petites Antilles.

Les îlets du Carénage sont des lieux favorables à la nidification de sternes dont une endémique à la Caraïbe : la Petite Sterne (Sterna antillarum).

Cette baie est le siège de nombreuses activités professionnelles: la pêche artisanale dont environ 200 pêcheurs enrôlés, les opérateurs touristiques tournés sur l’écotourisme, les sports marins et la visite guidée. S’ajoute à ces usages une fréquentation touristique non accompagnée qui se concentre sur certains points de fixation très attractifs tels que l' îlet Caret, l'îlet Blanc ou l'îlet Fajou.

Une Baie menacée

Les richesses de cette baie sont soumises à des pressions anthropiques diverses et des menaces qui mettent en danger l’état de santé des écosystèmes et de toute la vie qu’ils hébergent.

On peut distinguer les impacts directs tels que:

• les pollutions urbaines et agricoles des eaux qui aboutissent dans la baie,
• la surexploitation des ressources halieutiques,
• la dégradation des fonds d’herbiers et de coraux due aux ancres mal gérées,
• le défrichement des mangroves ou le dérangement des colonies d’oiseaux marins, sur lesquels il est impératif d’agir en concertation avec tous les protagonistes;

En revenche, il est des menaces plus insidieuses sur lesquelles il est très difficile d’agir tels que: les conséquences du changement climatique avec deux effets majeurs que sont:

• l’élévation du niveau de l’océan qui menace le littoral par l’érosion et la salinisation
• la température de l’eau qui provoque le blanchissement des coraux.
• plus récemment l’arrivée incontournable du poisson lion, un poisson du pacifique accidentellement lâché dans la Caraïbe, qui risque d’aggraver le déséquilibre de l’écosystème corallien.

Le littoral de la baie possède divers témoignages historiques de l’activité humaine de la période coloniale et post-coloniale, les canaux de Grande Terre en sont de beaux exemples.

Un territoire protégé

Dans les années 80, en pleine réflexion sur la définition des statuts de protection des grands éléments de patrimoine naturel de la Guadeloupe, la décision est prise de créer une Réserve Naturelle sur la partie marine et littorale de la baie du Grand Cul-de-Sac Marin en 1987; puis en 1989 un Parc National sur le massif forestier de la Basse Terre. L’établissement public du Parc prendra la gestion de la Réserve Naturelle en 1990. Il a développé un véritable savoir-faire et une légitimité au sein de cette Aire Marine Protégée et a petit à petit fait passer le message de la protection aux acteurs et aux publics du territoire. En juin 2009 le décret de révision du Parc National permet d’intégrer les 6 unités spatiales de l’ex-Réserve Naturelle sous un nouveau statut qui est celui de cœur de parc. A quelques nuances près, la réglementation qui s’y applique reste inchangée. Autre innovation à cette occasion: les cœurs marins ont été consolidés par une zone tampon intitulée « aire marine adjacente », qui contribue à protéger les cœurs marins.